149【头颈鳞状细胞癌HNSC空转】空间转录组分析,替换研究的基因即可
用R语言及其相关生物信息学包(Seurat、ggplot2、patchwork、dplyr、Rfast2、hdf5r、viridis、glmGamPoi、SingleR、celldex和RColorBrewer)对10x Genomics空间转录组数据进行系统分析。首先构建Seurat对象并挂载空间信息,通过VlnPlot和SpatialFeaturePlot对空间转录本数(nCount_Spatial)进行可视化,评估数据质量。随后用SCTransform进行归一化处理,并通过PCA降维、邻域查找(di
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